Ngày 1 tháng 5 năm 1975, quân Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam tiếp quản Côn Đảo.

Ngày 18 tháng 9 năm 1976, Hội đồng Chính phủ ra Nghị định số 164-CP thành lập huyện Côn Sơn trực thuộc Thành phố Hồ Chí Minh.[21]

Ngày 15 tháng 1 năm 1977, Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam khóa VI, kỳ họp thứ 2 ban hành nghị quyết phê chuẩn việc đổi tên huyện Côn Sơn thành huyện Côn Đảo và sáp nhập huyện Côn Đảo vào tỉnh Hậu Giang.[21][22]

Ngày 30 tháng 5 năm 1979, huyện Côn Đảo sáp nhập với thị xã Vũng Tàu và xã Long Sơn thuộc huyện Châu Thành, tỉnh Đồng Nai để thành lập đặc khu Vũng Tàu - Côn Đảo trực thuộc trung ương[23]. Ngày 10 tháng 12 năm 1979, Côn Đảo được chuyển thành quận trực thuộc đặc khu Vũng Tàu - Côn Đảo.[24]

Ngày 12 tháng 8 năm 1991, đặc khu Vũng Tàu - Côn Đảo giải thể, Côn Đảo trở thành huyện thuộc tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu như hiện nay.[25]

Hiện nay Côn Đảo là một huyện có chính quyền một cấp, thông qua các cơ quan chức năng huyện, trực tiếp đến địa bàn khu dân cư, không có các cấp phụ thuộc như xã, phường hay thị trấn.